โดยทั่วไปมีเชื้อต่าง ๆ เช่น แบคทีเรีย ฟังไจ ไวรัส มากมายอยู่ในลำไส้และผิวหนัง ซึ่งสิ่งมีชีวิตเหล่านี้จะช่วยให้ร่างกายแข็งแรง แต่นอกจากที่ลำไส้และผิวหนังแล้ว ในดวงตาของคนเราก็เป็นที่อยู่ของเชื้อเหล่านี้ด้วยเหมือนกัน ซึ่งเรามักจะเรียกเชื้อเหล่านี้ว่า Eye microbiome หรือ ไมโครไบโอมที่ดวงตา ซึ่งหมายถึง กลุ่มของเชื้อที่อยู่ในดวงตาและทำหน้าที่คอยป้องกันและทำลายสิ่งแปลกปลอมที่เข้าสู่ดวงตา ถ้าหากเชื้อในดวงตาไม่สมดุล ซึ่งอาจมีปริมาณมากเกินไปหรือน้อยเกินไป จะส่งผลให้มีความผิดปกติที่ดวงตา
เชื้อที่อาศัยอยู่บริเวณดวงตาจะไปกระตุ้นการทำงานของระบบภูมิคุ้มกัน ทำให้ระบบภูมิคุ้มกันมีการทำงานอย่างต่อเนื่อง และเมื่อมีสิ่งแปลกปลอมเข้ามา จึงสามารถขจัดและทำลายสิ่งแปลกปลอมที่เป็นอันตรายต่อดวงตาได้อย่างรวดเร็ว นอกจากนี้นักวิทยาศาสตร์ได้มีการวิจัยต่อยอดเพิ่มเติมเพื่อนำข้อดีดังกล่าวไปใช้ประโยชน์เกี่ยวกับการรักษาโรคเกี่ยวกับดวงตา ไม่ว่าจะเป็นโรคตาแห้ง โรคโจเกร็น (Sjogren's Syndrome) หรือแผลที่กระจกตา อีกด้วย
ในช่วงที่ผ่านมาบทบาทหน้าที่ของเชื้อต่อสุขภาพตายังเป็นที่ถกเถียงกันเป็นจำนวนมาก นักวิทยาศาสตร์เชื่อว่า สุขภาพตาที่ดีจะไม่มีเชื้อแบคทีเรียอยู่ภายใน แต่จากการตรวจสอบพบว่ามีแบคทีเรียในอากาศ มือ และที่เปลือกตาอยู่ในดวงตา อย่างไรก็ตาม หลายคนยังเชื่อว่า เชื้อเหล่านี้จะถูกฆ่าหรือล้างออกเมื่อมีน้ำตาไหลออกมา แต่เมื่อไม่นานมานี้มีนักวิทยาศาสตร์สรุปไว้ว่า มีไมโครไบโอมที่ดวงตาอย่างแน่นอน ซึ่งเชื้อที่พบในดวงตานั้นจะขึ้นอยู่กับอายุของเจ้าของดวงตานั้น แหล่งที่อยู่อาศัยตามภูมิศาสตร์ เชื้อชาติ คอนแทรกเลนส์ที่สวมใส่ รวมทั้งระยะในการเกิดโรคอีกด้วย
ไมโครไบโอมที่ดวงตานั้นจะมีเชื้ออยู่ 4 สายพันธุ์หลัก ๆ ได้แก่ Staphylococci, Diphtheroids, Propionibacteria และ Streptococci นอกจากนี้แล้ว torque teno virus ซึ่งเป็นเชื้อที่เกี่ยวข้องกับโรคตา จะถูกนับรวมเป็นสมาชิกของไมโครไบโอมที่ดวงตาด้วย ถ้ามีการตรวจพบเชื้อดังกล่าวอยู่ในสุขภาพตาของบุคคลนั้น 65% ซึ่งสิ่งนี้ชี้ให้เห็นว่า แพทย์ควรมีการไตร่ตรองอย่างรอบคอบถึงความเสี่ยงและประโยชน์ของเชื้อที่พบในดวงตา ถ้าหากมีการนำยาปฏิชีวนะ (Antibiotic) มาใช้ ยาปฏิชีวนะอาจทำลายเชื้อแบคทีเรียที่เป็นประโยชน์แก่สุขภาพดวงตา ทำให้เสียสมดุลและเป็นอันตรายต่อดวงตา
สำหรับการศึกษาในช่วงล่าสุดที่ครอบคลุมมากกว่าทศวรรษกับผู้ป่วยมากกว่า 340,000 คน ในประเทศสหรัฐอเมริกา พบว่า มีการใช้ยาปฏิชีวนะในการรักษาโรคตาแดง (เยื่อตาอักเสบ) ถึง 60% ทั้ง ๆ ที่จริงแล้วโรคตาแดงนั้น สาเหตุเกิดมาจากไวรัสและไม่สามารถรักษาได้ด้วยยาปฏิชีวนะ แต่ถ้าเป็นโรคที่เกิดจากแบคทีเรีย หลังจากได้รับยาปฏิชีวนะจะหายภายใน 7-10 วัน หากไม่เกิดอาการแทรกซ้อน และเป็นที่ทราบกันดีว่าการใช้ยาปฏิชีวนะในปริมาณที่ไม่เหมาะสม (ในกรณีที่ใช้มากเกินไป ทำให้เชื้อที่มีประโยชน์ต่อร่างกายถูกทำลาย ในกรณีที่ใช้น้อยเกินไป ส่งผลให้เชื้อเกิดการดื้อยา) อาจส่งผลกระทบต่อเชื้อดีที่อยู่ในดวงตา ซึ่งจะนำไปสู่การติดเชื้อ ทำลายระบบภูมิคุ้มกัน หรือเป็นมะเร็ง