สิบสองปีก่อนปฐมบทแห่งนารูโตะ มีปีศาจตนหนึ่งซึ่งถูกขนานนามว่า “จิ้งจอกเก้าหาง” ได้เข้าโจมตีหมู่บ้านโคโคฮะ มันทำร้ายผู้คนล้มตายเป็นจำนวนมาก  โฮคาเงะรุ่นที่ 4 ผู้นำแห่งหมู่บ้านโคโนฮะ ได้เสียสละชีวิตของเขาและผนึกปีศาจจิ้งจอกเก้าหาง ไว้ในตัวทารก นามว่า “อุสึมากิ นารูโตะ”

จากบทบัญญัติของโฮคาเงะรุ่นที่ 3  ห้ามใครพูดถึงการโจมตีของปีศาจจิ้งจอกเก้าหาง
ทำให้นารูโตะเองก็ยังไม่รู้ว่ามีปีศาจจิ้งจอกอยู่ในตัว รวมถึงเหตุผลที่คนในหมู่บ้านมองเขาด้วยแววตาที่เกลียดชัง

หนึ่งปีหลังจากนั้น มิสึกิ นินจาถอนตัวได้หลอกใช้เขาให้ไปขโมยคำภีร์ต้องห้าม โดยแลกกับการที่จะสอนวิชานินจาลับให้กับเขา แต่ก็ไม่เป็นผลสำเร็จ อาจารย์อิรุกะ ครูประจำชั้นของเขาได้มาขวางไว้จนได้รับบาดเจ็บสาหัส มิสึกิได้บอกความจริงเกี่ยวกับปีศาจจิ้งจอกเก้าหางในตัวเขา เขาจึงได้ใช้วิชานินจาสร้างร่างแยก คาถาแยกเงาพันร่าง จากคำถีร์ต้องห้าม เข้าสยบมิซึกิ

หลังจบจากโรงเรียนประถมนินจา นารูโตะให้รับคัดเลือดให้ร่วมทีม กับอิจิวะ ซาสึเกะ คู่กัดกันตลอดกาล และ ฮารุโนะ ซากุระ โดยชื่อทีมว่า “ทีม7″ ภายใต้การบัญชาของ ฮาตาเกะ คาคาชิ ครูประจำทีมของพวกเขา

ทีมนินจาในหมู่บ้านทุกทีม จะได้รับค่าตอบแทนหลังจากที่เสร็จสิ้นภารกิจ เช่น เป็นบอดี้การ์ด หรือ ทำงานบ้าน หลังจากที่พวกเขาได้ผ่านภารกิจมาพอสมควร ครูคาคาชิได้อนุญาติให้ทีม7 เข้าร่วมการสอบนินจาเพื่อเลื่อนขั้นเป็นนินจาในระดับที่สูงขึ้นและมีส่วนร่วมในภารกิจที่ยากขึ้น

ระหว่างการสอบ โอโรจิมารุ ได้เข้าโจมตีโคโนฮะ และได้ฆ่าโฮคาเงะรุ่นที่ 3 นั่นเป็นสามาเหตุให้จิไรยะ หนึ่งในสามนินจาในตำนาน ได้ออกตามหาตัวสึนาเดะเพื่อนร่วมทีมของเขา ให้มาเป็นโฮคาเงะ รุ่นที่5 โอโรจิมารุได้ใช้ช่วงเวลานั้นสร้างภาชนะใหม่และพาตัวซาสึเกะให้มาเป็นภาชนะของเขา เขากล่อมซาสึเกะว่ามันจะทำให้เขาแข็งแกร่งขึ้นและจะทำให้เขาฆ่าอิทาจิ พี่ชายของเขา ผู้ที่ได้ฆ่าล้างตระกูลได้สำเร็จ สึนาเดะได้จัดทีมนินจาให้พวกนารูโตะนำตัวซาสึเกะกลับมาที่หมู่บ้าน แต่พวกนารูโตะก็ไม่สามารถพาตัวซาสึเกะกลับมาได้ นารูโตะไม่ยอมแพ้ เขาใช้เวลาฝึกฝนตกเองเป็นเวลาสองปีครึ่งกับครูจิไรยะ เพื่อเตรียมตัวที่จะพบกับซาสึเกะอีกครั้ง

หลังจากการฝึกฝน องค์กรชั่วร้ายนามว่า แสงอุสา ได้พยายามที่จะจับตัวจิ้งจอกเก้าหางที่แฝงร่างอยู่ในตัวของนารูโตะ  เหล่านินจา รวมทั้งทีม7ได้เข้าต่อสู่กับสมาชิกของแสงอุสา และค้นหาตัวซาสึเกะ ถึงแม้ว่าพวกเขาจะสามารถปกป้องกาอาระ พลังสถิตย์ร่างหนึ่งหางเอาไว้ได้ แต่พวกแสงอุสาก็สามารถจับพลังสถิตย์ร่างอีก 7 คนได้สำเร็จ ในเวลาเดียวกันนั้น ซาสึเกะได้หักหลังโอโรจิมารุและไปแก้แค้นกับอิทาจิ หลังจากที่อิทาจิตาย ซาสึเกะได้รู้ความจริงจาก อุจิวะ มาดาระ ว่าโฮคาเงะเป็นผู้สั่งให้อิทาจิฆ่าล้างตระกูล เขาเสียใจมากและได้เข้าร่วมกับองค์กรแสงอุสาเพื่อกำจัดผู้นำหมู่บ้านโคโนฮะ

ขณะที่เหล่าสมาชิกแสงอุสากำลังเสียท่าให้กับเหล่านินจาโคโนอะ เพน ผู้นำกลุ่มของเขาได้เข้าทำลายหมู่บ้านโคโนฮะเพื่อที่จะจับตัวนารูโตะ แต่นารูโตะก็สามารถปกป้องหมู่บ้านเอาไว้ได้ หลังจากที่เพนตายมาดาระได้ประกาศไว้ว่าจะจับตัวสัตว์หางทั้งเก้า และจะสร้างสุดยอดสัตว์หางตัวใหม่ขึ้นมา เหล่าผู้นำจากห้าแคว้นหมู่บ้านใหญ่ได้ตกลงที่จะเผชิญหน้ากับมาดาระ จึงส่งผลให้เกิดสงครามนินจาครั้งใหม่ ระหว่างกองทัพของมาดาระ และเหล่านินจาจากห้าแคว้นใหญ่