หากพูดถึงอวัยวะเพศ คนส่วนใหญ่อาจจะคิดถึง External Genitalia หรืออวัยวะเพศ ส่วนที่เรามองเห็นได้จากภายนอก แต่สำหรับสัตว์บางชนิดเราไม่เห็นถึงความแตกต่างในสัตว์ตัวผู้และตัวเมียเลย เพราะส่วนที่แตกต่างกลับเป็นสิ่งที่อยู่ภายในหรือ Internal Genitalia อวัยวะเพศส่วนที่อยู่ภายในและไม่สามารถเห็นได้ตามปกติ เช่น สัตว์ปีกหรือสัตว์เลื้อยคลาน ซึ่งหากดูผ่าน ๆ มันอาจจะเป็นช่องหรือรูธรรมดา ๆ ซึ่งเป็นช่องที่อยู่รวมกับรูทวาร หากสัตว์ชนิดนั้นไม่ได้มีลักษณะทางกายภาพอื่น ๆ ของร่างกายที่สามารถแยกเพศได้ เช่น ไก่ตัวผู้กับตัวเมียมีหน้าตาแตกต่างกัน ทั้งในเชิงโครงสร้างตัว รวมถึงจงอย และสีสัน เป็นต้น
อวัยวะสืบพันธุ์เป็นสิ่งที่มีการวิวัฒนาการแตกต่างกัน ในต้นไม้วิวัฒนาการมากที่สุดและสิ่งที่ผลักดันให้มันวิวัฒนาการมากและต่างกันไปตามสายพันธุ์ ก็เพราะการอยู่รอดของสายพันธุ์ล้วนเกิดขึ้นจากการที่มันสามารถดำรงอยู่ได้และมีลูกหลานออกมา ระบบสืบพันธุ์และการผสมพันธุ์จึงเป็นเหมือนปัจจัยหลักที่ทำให้มันอยู่รอด โครงสร้างของอวัยวะเพศที่ปรับเปลี่ยนตามการวิวัฒน์ทำให้เกิดการคัดเลือกสายพันธุ์ด้วย ยกตัวอย่างการผสมพันธุ์ภายใน ซึ่งจะเกิดจากการจับคู่ของอสุจิและไข่ เกิดจากอสุจิตัวที่เคลื่อนที่ไปถึงไข่และเข้าผสมได้ก่อน ดังนั้น อสุจิที่แข็งแกร่งที่สุด เคลื่อนที่จากแหล่งผลิตในอวัยวะเพศผู้เดินทางไปยังไข่ที่อยู่ภายในอวัยวะเพศเมีย มันต้องผ่านอุปสรรคทางด้านโครงสร้างต่าง ๆ ที่ใช้เป็นตัวคัดกรองด้วย
อันที่จริงแล้วโครงสร้างอย่างง่าย ๆ ก็สามารถใช้ในการผสมพันธุ์ได้ หากอวัยวะเพศผู้เป็นเหมือนท่อที่ใช้ฉีดสเปิร์ม และโครงสร้างอวัยวะเพศเมียมีทรงเหมือนกรวยไว้รับอสุจิและส่งต่อไปยังไข่ โครงสร้างแบบนี้สามารถใช้ได้กับสัตว์ทุกชนิดอย่างแน่นอน แต่ที่มันต้องทำให้ซับซ้อนยุ่งยากก็เป็นเพราะอวัยวะสืบพันธุ์ไม่ได้มีหน้าที่เพียงแค่นำส่งอสุจิไปยังไข่ สัตว์หลายชนิดใช้มันเพื่อจุดประสงค์อื่นด้วย มันอาจจะเป็นส่วนหนึ่งของการเกี้ยวพาราสี
ยกตัวอย่างเช่น Crane fly แมลงวันขายาว ซึ่งหน้าตาเหมือนกับยุงแต่ไม่ได้ดูดเลือด เมื่อพวกมันจับคู่ผสมพันธุ์กัน อวัยวะเพศที่เกี่ยวพันกันและเคลื่อนเป็นจังหวะ จะทำให้เกิดเสียงขณะที่พวกมันผสมพันธุ์กันอยู่ และหากตัวเมียพึงพอใจกับเสียงเพลงที่ดังขึ้น ก็จะยินยอมให้การผสมพันธุ์ดำเนินต่อไปได้ และนั่นทำให้พันธุกรรมของตัวผู้ซึ่งมีอวัยวะเพศที่สร้างเสียงได้ไพเราะถูกส่งต่อไปยังลูกหลานต่อไปอีก หรืออวัยวะสืบพันธุ์เพศผู้ของนกเป็ดน้ำสายพันธุ์อาเจนไตน์ ซึ่งมีขนาดยาวที่สุดในสัตว์ปีกทั้งหมด เพราะมันไม่ได้มีไว้เพื่อสอดใส่และผสมพันธุ์เท่านั้น แต่มันยังยาวและมีลักษณะเป็นเกลียวเล็กน้อยและนุ่มเหมือนแปรง เป็ดตัวผู้สามารถใช้อวัยวะเพศของมันสอดใส่และกวาดร่องรอยสเปิร์มของการผสมพันธุ์ครั้งก่อนหน้าออกไปซึ่งเป็นการทำให้แน่ใจว่าลูกที่ออกมาจะต้องเป็นสายพันธุ์ของมันเท่านั้น
ใช่ว่าอวัยวะเพศที่แปลกตาและมีคุณสมบัตินอกเหนือจากการนำส่งเพื่อการผสมพันธุ์จะมีแต่ในเพศผู้เท่านั้น อวัยวะเพศของแมลงตัวเมียบางชนิดก็มีคุณสมบัติมากกว่าการผลิตไข่ และเป็นพื้นที่ให้อสุจิผสมกับไข่ แมลงบางชนิดมีกระเปาะพิเศษภายในอวัยวะเพศเพื่อกักเก็บและแยกอสุจิที่ได้รับจากการผสมพันธุ์กับตัวผู้แต่ละตัวออกจากกัน และมันสามารถเลือกในภายหลังได้ว่า จะนำอสุจิที่เก็บไว้ในกระเปาะใดมาผสมกับไข่ในตัวของมัน หรือมดลูกของนกเป็ดน้ำตัวเมียเองก็มีกลไกพิเศษที่นอกจากจะสามารถรองรับอวัยวะเพศของตัวผู้ที่ยาวเป็นพิเศษได้แล้ว มันยังสามารถหดเกร็งเพื่อบีบเอาอวัยวะเพศของตัวผู้ที่พยายามผสมพันธุ์อยู่ให้ออกจากตัวไปได้หากมันไม่ต้องการจะผสมพันธุ์ด้วย ที่สุดแล้วมันจึงกลับมาในคำถามที่ว่า อวัยวะเพศหรือเครื่องเพศของสัตว์เองได้รับการวิวัฒนาการและเปลี่ยนแปลงมาตลอดเวลาเพื่อให้เหมาะสมกับลักษณะการใช้ชีวิตและการจับคู่ของมันมาอย่างดี มันจึงไม่ได้เป็นแค่ท่อส่งอสุจิหรือกรวยที่รองรับอสุจิธรรมดา ๆ แบบที่อาจจะเป็นได้นั่นเอง