กระบวนการของเทคโนโลยีชีวภาพที่สำคัญอย่างหนึ่ง คือ การหมัก ซึ่งหมายถึงการเพาะจุลินทรีย์ เพื่อให้ผลิตสินค้าที่ต้องการออกมา เทคโนโลยีการหมัก จัดเป็นเทคโนโลยีชีวภาพที่มีมานานแล้ว อาหารหลายอย่างที่เรารับประทาน ได้มาจากการหมัก เช่น เต้าเจี้ยว น้ำปลา และขนมจีน เป็นต้น เครื่องดื่มที่มีแอลกอฮอล์ก็มีมาจากการหมักผลไม้หรือข้าว ในอุตสาหกรรมนั้น
เราใช้เทคโนโลยีการหมักในการผลิตสินค้าต่าง ๆ ที่เป็นจุลินทรีย์ เช่น ยีสต์ สำหรับทำขนมปัง หรือผลิตผลของจุลินทรีย์ เช่น ยาปฏิชีวนะ กรดอินทรีย์ และวิตามิน เป็นต้น การหมักในระดับอุตสาหกรรมเช่นนี้ มักต้องทำในถังหมัก ซึ่งจะมีเฉพาะจุลินทรีย์ที่ต้องการในการหมักนี้เท่านั้น
โดยจุลินทรีย์อื่น ๆ ไม่สามารถแปลกปลอมเข้าไปได้ เมื่อใส่สารละลาย ที่มีอาหาร และอากาศเข้าไป และปรับสภาวะความเป็นกรด-เบสได้ดี พร้อมทั้งมีระบบกวน และระบบปรับอุณหภูมิ และสภาวะ อื่น ๆ ที่ดีแล้ว การหมักก็จะเกิดขึ้น และได้ผลิตผลที่ต้องการออกมา ซึ่งจะต้องนำไปแยกให้บริสุทธิ์ก่อนนำไปขาย หรือนำไปใช้ จะเห็นได้ว่า การหมัก และการแยกสารให้บริสุทธิ์ในระดับอุตสาหกรรมนั้นนอกจากใช้ความรู้ด้านจุลชีววิทยาแล้ว ยังต้องใช้ความรู้ด้านวิศวกรรมกระบวนการเป็นอันมาก