ประวัติศาสตร์ของการจำแนก และ จัดหมวดหมู่ของสัตว์อาจจะแบ่งออกได้เป็นสมัยต่าง ๆ ดังต่อไปนี้
สมัยแรก-สมัยที่ศึกษาเกี่ยวกับสัตว์เฉพาะท้องถิ่น
ประวัติศาสตร์ของการจำแนก และ จัดหมวดหมู่ของสัตว์ นับว่าเก่าแก่เท่ากับอายุของมนุษย์ทีเดียว คนพื้นเมืองซึ่งไม่ได้ศึกษาวิทยาการสมัยใหม่สามารถจำแนกสัตว์ต่าง ๆ ในท้องถิ่นของตนออกเป็นชนิดได้โดยเฉพาะชนิดที่กินได้ หรือ ที่ทำให้เกิดโทษแก่มนุษย์มักจะมีชื่อเรียกกันถูกต้องมากกว่าชนิดอื่น ๆ ตัวอย่างที่น่าจะนำมาอ้างอิงในที่นี้ก็คือ ชาวปาปวน (Papuan) พวกหนึ่งซึ่งเป็นชาวพื้นเมืองอาศัยอยู่บนภูเขาในเกาะนิวกินี สามารถที่จะเรียกชื่อนกได้ ๑๓๗ ชนิด จากจำนวนนกทั้งหมดที่นักวิทยาศาสตร์สำรวจได้ ๑๓๘ ชนิด ดังนั้นจึงแสดงให้เห็นว่ามีอยู่เพียงชนิดเดียวเท่านั้นที่มีลักษณะรูปร่างใกล้เคียงมากจนทำให้พวกปาปวนเรียกชื่อไขว้เขวกัน
ในประเทศไทยเราก็เช่นเดียวกันประชาชนในท้องถิ่นต่าง ๆ ได้จำแนกสัตว์ออกเป็นชนิด ๆ มานานแล้ว เช่น คนไทยในภาคกลางได้แยกนกกางเขนบ้าน และ นกกางเขนดงออกจากกันนกทั้งสองชนิดนี้มีรูปร่าง และ สีสันแตกต่างกันจนเห็นได้ชัดเจน ภายหลังเมื่อนักวิทยาศาสตร์ได้ศึกษาชื่อวิทยาศาสตร์ของนกทั้งสองนี้ ก็ปรากฏว่าแตกต่างกันจริง ดังนั้นกางเขนบ้านจึงมีชื่อวิทยาศาสตร์ว่า คอปไซคัส โซลาริส (ลินเนียส) [Copsychus saularis (Linnaeus)] และกางเขนดงเป็น คอปไซคัส มาลาบาริคัส (สโคพอลิ) [Copsychus malabaricus (Scopoli)] นักวิทยาศาสตร์ที่มีชื่อเสียงในการจำแนกสัตว์ในสมัยแรกที่ควรกล่าวถึงในที่นี้ คือ ชาวสวีเดน ชื่อ คาโรลัส ลินเนียส (Carolus Linnaeus, ค.ศ. ๑๗๐๗ - ๑๗๗๘, นักธรรมชาติวิทยาชาวสวีเดน) ท่านผู้นี้ได้ชื่อว่าเป็น "บิดาของวิชาอนุกรมวิธานสมัยใหม่"
สมัยที่สอง-สมัยที่ยอมรับเอาทฤษฎีวิวัฒนาการเข้ามา
การจำแนกสัตว์ในสมัยที่สองได้รับเอาความคิดเกี่ยวกับทฤษฎีวิวัฒนาการเข้ามาใช้เป็นอันมาก ตัวอย่างเช่น ชาลส์ ดาร์วิน เป็นต้น ท่านผู้นี้เป็นผู้ที่มีชื่อเสียงในเรื่องการจัดระบบหมวดหมู่ของเพรียง หรือ สนับทึบ (barnacle) และ ได้เขียนคู่มือการจำแนกชนิดของสัตว์ชนิดนี้ขึ้นไว้ด้วย
ในสมัยที่สองนี้แนวทางของการจำแนกสัตว์ได้มุ่งไปในการเสาะหาความรู้เพื่อที่จะตอบคำถามที่ว่า "สิ่งมีชีวิตทั้งหลาย สืบเนื่องมาจากบรรพบุรุษเดียวกันหรือไม่" ดังนั้นจึงเห็นได้ว่าในยุคนี้นักวิทยาศาสตร์หลายท่านได้นำเอาความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ เข้ามาเกี่ยวข้องกันประดุจ เช่น ต้นไม้ ซึ่งประกอบด้วยราก ลำต้น กิ่ง ก้าน และ ใบ ฉันนั้น
ด้วยความสัมพันธ์ดังเช่นที่กล่าวมาแล้วนี้ ทำให้การค้นพบสัตว์ชนิดใหม่ ๆ เพิ่มขึ้นไม่เว้นแต่ละวัน อย่างไรก็ตามก่อนที่จะสิ้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ การค้นพบใหม่ๆ สำหรับสัตว์ชั้นสูงก็ค่อย ๆ ลดน้อยลง
สมัยที่สาม-สมัยการศึกษาประชากรของสิ่งมีชีวิต
ในสมัยนี้นักอนุกรมวิธานได้เปลี่ยนแนวความคิดใหม่ จากการศึกษาหาบรรพบุรุษที่ร่วมกันของสัตว์ต่างชนิด หรือ ศึกษาห่วงที่ขาดหายไปของสายโซ่แห่งความสัมพันธ์ของสัตว์แต่ละชนิด มาศึกษาถึงความแตกต่างของลักษณะรูปร่างในหมู่ประชากรของสิ่งมีชีวิตชนิดเดียวกัน หรือ ชนิดอื่นที่ใกล้เคียงกัน
นักอนุกรมวิธานในสมัยที่สามได้นำเอาความรู้ทางคณิตศาสตร์ โดยเฉพาะในวิชาสถิติมาใช้อย่างแพร่หลาย และ สิ่งสำคัญในสมัยนี้ก็คือ การที่นักอนุกรมวิธานได้มีความคิดใหม่เกี่ยวกับชนิด ซึ่งแต่เดิมเชื่อว่า "ชนิด" ไม่เปลี่ยนแปลงเกิดมาเป็นอย่างไรก็อยู่อย่างนั้น (typologicalconcept) มาเป็นความคิดที่ว่า "ชนิด" ไม่หยุดนิ่งอยู่กับที่ และ อาจจะมีได้หลายแบบ (Polytypic concept)