ปอแก้ว และปอคิวบามีลักษณะทางพฤกษศาสตร์ที่แตกต่างกัน ตรงที่รูปร่าง หรือขนาดเท่านั้น ส่วนอื่นๆ มีลักษณะใกล้เคียงกันมากดังนี้
๑. ระบบราก
มีรากแก้วหยั่งลงไปในดิน ลึกประมาณ ๔๐-๕๐ เซนติเมตร
๒. ลำต้น
สูงเรียวตั้งตรง ๓-๔ เมตร ไม่แตกกิ่ง มีสีเขียว สีม่วงแดง มีสีเขียวปน แดง มีทั้งผิวเรียบ หรือมีหนาม
๓. ใบ
เกิดสลับกันบนลำต้น สำหรับปอแก้วเป็นใบชนิดใบประกอบ (palmately com- pound) ใบหนึ่งๆ มีลักษณะแยกเป็นแฉกคล้ายนิ้วมือ ส่วนปอคิวบาเป็นใบชนิดใบเดี่ยว และใบประกอบ อาจจะพบทั้งสองชนิดบนต้นเดียวกัน ขอบใบของปอแก้ว และปอคิวบา มีหยักคล้ายฟันเลื่อย
๔. ดอก
เป็นดอกเดี่ยว มีกลีบดอก ๕ อัน สีเหลืองที่ฐานดอกมีสีม่วงและออกดอกในช่วงวันสั้น เป็นพืชผสมตัวเอง
๕. ฝัก
มีลักษณะกลม ปอคิวบาจะมีขนมาก มีเมล็ด ๒๐-๕๐ เมล็ดต่อฝัก
๖. คุณภาพเส้นใย
ปอคิวบาจะให้คุณภาพ เส้นใยดีกว่าปอแก้ว ปอทั้งสองชนิดนี้ ในต้นหนึ่งๆ จะให้ปริมาณเส้นใย ประมาณร้อยละ ๔-๖
๗. สภาพพื้นที่
ปอคิวบามีความทนต่อความแห้งแล้งได้น้อยกว่าปอแก้ว แต่สามารถเจริญเติบโตได้ดีในสภาพน้ำขัง และทนต่อการระบาดของโรคและแมลงได้น้อยกว่าปอแก้ว
๘. อายุการเก็บเกี่ยว
เมื่อปอออกดอก ประมาณร้อยละ ๕๐ ของลำต้น (๑๕๐-๑๖๐ วัน)