ในการผลิตยามีหลักใหญ่ ๆ คือ ถ้าเป็นยาจากพืชต้องสืบสวนให้แน่นอนเสียก่อนว่าพืชนั้นสามารถรักษาโรคได้จริงส่วนไหนของพืชที่มีแก่นยามากที่สุดนำมาแยกด้วยขบวนการทางฟิสิกส์และเคมีจนได้ยาบริสุทธิ์ จัดการหาสูตรโครงสร้าง แล้วสังเคราะห์ขึ้นใหม่เลียนแบบยาธรรมชาติ หรือแยกแก่นยาบริสุทธิ์จากพืชโดยตรงแล้วแต่ว่าวิธีใดได้ผลดีที่สุดและสิ้นเปลืองรายจ่ายน้อยที่สุดสำหรับยาแผนปัจจุบันเมื่อได้ยาที่บริสุทธิ์แล้วต้องนำมาทดสอบทางสรีวิทยาว่ามีผลอย่างไรต่อระบบต่าง ๆ ของร่างกายตรวจสอบผลทางเภสัชวิทยาว่ามีข้อดีอย่างไรต่อร่างกายศึกษาการเปลี่ยนแปลงของยาในร่างกายรวมทั้งการทำลายและการขับถ่ายออกจากร่างกายการทดสอบผลเสียของยานั้นทำในสัตว์ทดลอง เช่น หนูถีบจักร กระต่าย สุนัข อาจใช้สัตว์ทั้งตัวหรือเพียงอวัยวะบางส่วนในการทดลองศึกษาผลเสียของยาที่อาจมีต่อสัตว์ที่กำลังท้อง ระยะให้นมลูกลูกอ่อนในท้องรวมทั้งการทำใหื้เกิดมะเร็งทั้งระยะปัจจุบันและระยะยาวอาจต้องใช้เครื่องมือทางวิทยาศาสตร์ต่าง ๆ เช่น ฟิสิโอกราฟ โครมาโตกราฟี สเปกโทรโฟโตมิเตอร์ และสมองกลร่วมด้วย

ยาเป็นเสมือนดาบสองคม คือ ให้คุณเมื่อใช้ถูกและให้โทษเมื่อใช้ผิดอันตรายจากยาเกิดจากสาเหตุหลายประการ เช่น เกิดจากตัวยาเองความแตกต่างในตัวผู้ใช้ซึ่งมีปฏิกิริยาต่อยาผิดปกติหรือเกิดจากการใช้ยาไม่ถูกต้อง นอกจากนี้ยาแต่ละชนิดมักมีผลเสียในตัวเองไม่มากก็น้อยแม้จะใช้ในขนาดรักษา เช่น ยาแก้อาการแพ้ทำให้ง่วงนอน ยาแก้ปวดลดไข้ระคายกระเพาะอาหารและลำไส้ การใช้ยาหลายขนานร่วมกันอาจเสริมฤทธิ์กันหรือเกิดผลเสียมากขึ้นระหว่างใช้ยาอาจต้องระวังอันตรายจากอาหารและเครื่องดื่ม เช่น การใช้ยาลดความดันโลหิตสูงร่วมกับการบริโภคเนยแข็งหรือกล้วยหอมทำให้เกิดความดันโลหิตสูงจนถึงขั้นอันตรายได้ยาบางชนิดสะสมในร่างกายได้เมื่อใช้ขนาดมากหรือใช้ติดต่อกันเป็นเวลานาน เช่น ยานอนหลับ

ยาไม่ได้มาตรฐาน ยาหมดอายุ หรือยาเสื่อมคุณกภาพก่อโรคแทรกซ้อนได้บางรายได้รับอันตรายถึงแก่ชีวิตจึงไม่ควรกินยาเหล่านี้
ดังนั้นผู้ใช้ยาควรปรึกษาแพทย์และใช้ยาตามคำแนะนำของแพทย์เพื่อมิให้เกิดความผิดพลาดขึ้นได้