สาเหตุของโรคเยื่อบุโพรงมดลูกเจริญผิดที่ คือการที่เยื่อบุโพรงมดลูกซึ่งยังมีชีวิตอยู่ ได้หลุดไปเกาะอยู่ที่รังไข่ หรือตามที่ต่าง ๆ และเจริญเติบโตขึ้นเรื่อย ๆ มีขนาดใหญ่จนเป็นก้อนซีสต์ ภายในซีสต์นั้นจะเต็มไปด้วยเลือดเก่า ๆ ซึ่งเลือดที่คั่งอยู่ข้างในมีสีเหมือนช็อกโกแลต เลยเรียกกันว่า “ช็อกโกแลตซีสต์”
โดยมากผู้ที่เป็นจะมีอาการปวดท้องประจำเดือน ลักษณะเด่นของการปวดประจำเดือนจะเป็นแบบปวดมากขึ้นเรื่อย ๆ ปวดมากกว่าปีที่แล้ว ในหลายคนจะมีอาการปวดแบบหน่วง ๆ ที่รูทวารด้วย ถ้าหากมีประวัติแบบนี้ ขอแนะนำให้ไปปรึกษาแพทย์เพื่อตรวจให้ละเอียดอีกที เพราะหลายครั้งที่ผู้มีอาการปล่อยปละละเลย สุดท้ายปวดจนทนไม่ไหวแล้วพอมาตรวจกับแพทย์ มักพบว่าซีสต์มีขนาดใหญ่มาก (โดยปกติซีสต์ใหญ่เกิน 5 เซ็นติเมตรจึงจะมีผ่าตัด) จำเป็นต้องผ่าตัดอย่างเดียว และเมื่อทำการผ่าตัดเข้าไปก็พบทั้งซีสต์ขนาดใหญ่และพังผืดจำนวนมาก ไม่สามารถเลาะออกได้แค่ซีสต์ จำเป็นต้องตัดรังไข่ทิ้งไปด้วย โรคช็อกโกแลตซีสต์นี้ นอกจากจะทำให้ปวดประจำเดือนแล้วยังเป็นอีกสาเหตุหลักที่ทำให้มีลูกยากด้วย
สำหรับแนวทางในการรักษาช็อกโกแลตซีสต์ตามปกติแล้วจะมีดังนี้ คือ
1. ตั้งครรภ์ การตั้งครรภ์เป็นการรักษาช็อกโกแลตซีสต์ที่ดีมาก เป็นวิธีธรรมชาติที่ปลอดภัย ทว่าคนเป็นโรคนี้มักจะตั้งครรภ์ยากเป็นทุนเดิมอยู่แล้ว
2. ฉีดหรือกินฮอร์โมนเพื่อไม่ให้มีประจำเดือน ส่งผลให้ซีสต์ฝ่อ หากผู้ป่วยมีความต้องการมีบุตร เมื่อซีสต์ฝ่อก็สามารถหยุดยาแล้วลองปล่อยตั้งครรภ์ หากพบว่าซีสต์โตกลับมาอีกครั้ง ก็จำต้องกลับไปรักษาด้วยฮอร์โมนอีกครั้ง หรือไม่ก็ทำการผ่าตัดต่อไป
3. การผ่าตัด ซึ่งส่วนมากจะใช้วิธีการผ่าตัดส่องกล้อง เพราะแผลจะเล็ก ฟื้นตัวได้ไว หากพบปัญหาอื่น เช่น พังผืด ก็สามารถรักษาร่วมด้วย และในกรณีคนไข้ต้องการมีบุตร แพทย์สามารถฉีดสีเพื่อดูว่าท่อไข่อุดตันหรือไม่ระหว่างผ่าตัด เพราะการอักเสบจากซีสต์และพังผืดจะทำให้ท่อนำไข่อุตตัน บิดเบี้ยว มีปัญหาไปด้วย หลังผ่าตัดเสร็จแพทย์อาจจะให้ฉีดหรือทานยาฮอร์โมนต่ออีกสัก 3-6 เดือนแล้วแต่กรณี เพื่อป้องการซีสต์กลับมา
หญิงที่ต้องการจะตั้งครรภ์ช่วงเวลาหลังผ่าตัดถือเป็นโอกาสทอง เพราะรังไข่จะมีความพร้อมกว่าเดิม คุณภาพไข่ดีขึ้น หากเวลายิ่งผ่านไปนานเท่าไหร่ โอกาสที่จะตั้งครรภ์ได้ก็น้อยลงไปเท่านั้น เพราะซีสต์จะกลับมาใหม่ได้ง่าย
สำหรับทางแพทย์แผนจีน หมอจีนมองว่าช็อกโกแลตซีสต์เป็นโรคที่เกิดจากเลือดคั่ง ซึ่งมีที่มาจากหลายสาเหตุ
1. อารมณ์หงุดหงิด เก็บกด ส่งผลลมปราณเดินไม่สะดวก ลมปราณไม่เดิน เลือดก็ไม่ถูกดัน
2. ได้รับพิษเย็น ร่างกายหนาวเกินจนเลือดไม่เดิน
3. เกิดการอักเสบจนเกิดพิษร้อน ธาตุร้อนเคี่ยวเลือดจนเลือดข้นและหนืด
4. ลมปราณพร่อง ไม่มีแรงผลักดันเลือดให้เดิน ซึ่งสาเหตุต่าง ๆ เหล่านี้ล้วนส่งผลทำให้เกิดเลือดคั่งขึ้น เมื่อเลือดคั่งเกิดขึ้นและไม่ได้รับการรักษา พอนานวันเข้าก็แข็งตัวจนเป็นก้อน กลายเป็นซีสต์ในที่สุด วิธีรักษาจึงเน้นที่แก้ต้นเหตุ โดยการเดินลมปราณสลายพิษเย็น ลดการอักเสบหรือบำรุงลมปราณ เพื่อสนับสนุนการเดินเลือดให้คล่องและสลายเลือดคั่ง