เนื่องจากยังไม่สามารถสรุปถึงสาเหตุที่แน่นอนได้ว่าอะไรคือสิ่งที่ทำให้เด็กออทิสติกมีความผิดปกติในหน้าที่ของสมองบางส่วน จึงยังไม่มีวิธีการรักษาที่ทำให้หายขาดได้แต่สามารถทำให้ดีขึ้นได้ หากเด็กออทิสติกได้รับการดูแลบำบัดรักษาอย่างเหมาะสมและต่อเนื่องตั้งแต่ยังมีอายุน้อย ๆ (ระหว่าง ๓ - ๕ ปี) เด็กส่วนหนึ่งจะสามารถเรียนรู้ได้เช่นเดียวกับเด็กปกติทั่วไปจนถึงระดับปริญญา ทำงาน มีคู่ครอง มีความรับผิดชอบและเลี้ยงดูครอบครัวได้ แต่อาจจะคงยังมีปัญหาบางอย่างหลงเหลืออยู่ เช่น การปรับตัวในสังคม ความนึกคิด ความเข้าใจ และการแสดงออกทางอารมณ์ติดตัวไปจนตลอดชีวิต เด็กออทิสติกบางส่วนอาจจะประกอบอาชีพได้โดยมีผู้คอยดูแลแนะนำในกรณีที่มีอาการรุนแรงจนช่วยเหลือตนเองไม่ได้ก็ต้องมีผู้รับผิดชอบช่วยเหลือใกล้ชิดตลอดไป เด็กออทิสติกเป็นคนมีจิตใจบริสุทธิ์ ไร้เดียงสา ไม่รู้ทันคน บกพร่องในเรื่องสามัญสำนึก ปกป้องตัวเองไม่เป็นถ้าเขาโชคดีได้อยู่ในหมู่ของคนดีช่วยสอนให้เรียนรู้แต่ในสิ่งที่ดีเขาก็จะเป็นคนดีได้ ฉะนั้นผู้ที่ให้การช่วยเหลือเขาควรคำนึงถึงคุณสมบัติในข้อนี้ด้วย ส่วนการรักษาและการช่วยเหลือเด็กออทิสติกนั้นต้องใช้เวลาไม่น้อยในการร่วมมือ ร่วมแรง ร่วมใจกัน ระหว่างพ่อแม่รวมทั้งเครือญาติของเด็กออทิสติกและกลุ่มผู้รักษาซึ่งประกอบด้วยแพทย์ พยาบาล ครูแก้ไขการพูด ครูการศึกษาพิเศษ เมื่อเด็กเริ่มเรียนรู้ได้บ้างแล้วจึงขอความร่วมมือจากครูอาจารย์เพื่อร่วมฟื้นฟูสมรรถภาพทางการเรียนรู้ในด้านวิชา การต่อไป การให้ความช่วยเหลืออย่างต่อเนื่องจะทำให้ผลการรักษาและการช่วยเหลือประสบความสำเร็จผู้รักษาไม่สามารถกำหนดได้เลยว่าจะต้องใช้ระยะเวลาเท่าไรจึงจะทำให้เด็กออทิสติกดีขึ้น ทั้งนี้ขึ้นกับปัจจัยหลาย ๆ อย่าง เช่น การเจ็บป่วยทางกายของเด็ก รูปแบบของการเลี้ยงดู สิ่งแวดล้อมรอบตัวเด็ก อายุของเด็กที่เริ่มได้รับการรักษา ความรุนแรงของโรครวมทั้งโครงสร้างและความผิดปกติซ้ำซ้อนของตัวเด็กออทิสติกเองด้วย ควรตระหนักไว้ว่าในระหว่างรับการรักษานั้นเด็กออทิสติกจะมีพฤติกรรมที่ผิดปกติเพิ่มขึ้นเมื่อเด็กอายุมากขึ้นจนเห็นได้อย่างชัดเจนเหมือนข้อชี้บ่งในการวินิจฉัย ฉะนั้นแพทย์ผู้ที่ให้การรักษาจึงต้องเฝ้าระวังและช่วยปรับพฤติกรรมให้เหมาะสมทุกช่วงอายุของเด็ก การบำบัดรักษาเด็กออทิสติกเป็นการรักษาตามอาการโดยการกระตุ้นพัฒนาการที่ล่าช้าไม่สมวัย การปรับพฤติกรรมและอารมณ์ที่ผิดปกติซึ่งอาจต้องใช้ยาร่วมด้วยและการฝึกสอนด้านการเรียนรู้ซึ่งมีการทำเป็นขั้นตอน ดังนี้
เพื่อนำเด็กออกจากโลกของตนเองสู่สังคมในบ้าน
ก. การกระตุ้นประสาทสัมผัสทั้งห้า ประกอบด้วย
ข. การจับมือเด็กให้ทำกิจกรรมต่าง ๆ ด้วยตนเอง
เด็กออทิสติกส่วนมากเมื่อต้องการอะไรจะไม่สามารถชี้บอกถึงความต้องการนั้นได้จึงใช้วิธีจับมือบุคคลที่อยู่ใกล้ไปทำสิ่งนั้นแทน กิจกรรมนี้จึงมีความสำคัญอย่างยิ่งที่จะต้องฝึกสอนโดยการ พยายามจับมือเด็กให้ทำกิจกรรมที่ตัวเองต้องการได้ด้วยตนเองเป็นการเสริมสร้างความมั่นใจให้เด็กออทิสติกและช่วยลดปัญหาทางอารมณ์ด้วย
ค. การหันตามเสียงเรียก
เพื่อฝึกให้เด็กรู้จักชื่อของตนเองตอบสนองต่อเสียงเรียกชื่อเด็กโดยหันตามเสียงเรียกเป็นการกระตุ้นให้เด็กมีพัฒนาการทางด้านการสื่อความหมายและช่วยให้เด็กมีปฏิสัมพันธ์กับบุคคลได้มากขึ้น
ง. การสอนให้เด็กรู้จักตนเองและบุคคลในครอบครัว
การสอนให้เด็กได้รับรู้ว่าตัวเองชื่ออะไร คนไหนคือ พ่อ แม่ พี่ น้อง เป็นการสอนให้เด็กได้รับรู้และเข้าใจว่าบุคคลในครอบครัวมีความแตกต่างกัน ผู้เขียนได้รับประสบการณ์จากเด็กออทิสติกหลายคนที่เมื่อเริ่มเรียกผู้เขียนว่า "ป้าหมอ" ได้จะเรียกทุกคนในโรงพยาบาลทั้งหญิงและชายว่า "ป้าหมอ" ทั้งหมดจึงได้ความคิดนี้เมื่อพาเด็กไปเที่ยวฟาร์มจระเข้เด็กรับรู้ว่า "จระเข้" ทุกตัวเหมือนกัน "เสือ" ทุกตัวเหมือนกัน "ลิง" ทุกตัวเหมือนกัน ดังนั้นเขาจึงคิดว่า "คน" ทุกคนเหมือนกันจึงต้องสอนให้เด็กรับรู้และเรียนรู้ในความแตกต่างของบุคคลตั้งแต่ระยะเริ่มต้นเพื่อกระตุ้นพัฒนาการทางการสื่อความหมายและสังคมระยะแรกนั่นเอง
คือ การฝึกสอนให้เด็กสามารถเปล่งเสียงและพูดได้เพื่อให้เด็กเรียนรู้ภาษาและสามารถสื่อสารได้ซึ่งเป็นการบำบัดที่สำคัญมากผู้ฝึกต้องเป็นผู้เชี่ยวชาญทางด้านการแก้ไขการพูด
คือ การปรับเปลี่ยนพฤติกรรมที่ผิดปกติและมีปัญหาให้เป็นพฤติกรรมที่เหมาะสมเพื่อที่จะสามารถอยู่ร่วมกับเด็กปกติทั่วไปได้รู้จักปฏิบัติตามกฎเกณฑ์ที่ควรเป็นไปตามวัยรู้จักควบคุมอารมณ์
คือ การใช้ดนตรีร่วมในการบำบัดเพื่อให้เด็กออทิสติกผ่อนคลายความรู้สึกกลัว กังวล กระตุ้นให้เด็กตอบสนองต่อการฟังเพิ่มขึ้นจนสามารถเปล่งเสียงและเคลื่อนไหวร่างกายตามจังหวะดนตรีที่ครูฝึกสอนให้ได้ ทั้งยังช่วยในด้านการสร้างสัมพันธภาพระหว่างบุคคล การสื่อสาร และสามารถลดพฤติกรรมที่ก้าวร้าวได้
คือ การฝึกสอนให้เด็กออทิสติกสามารถควบคุมตนเองในการเคลื่อนไหวร่างกายให้ถูกต้องและเหมาะสม
โดยใช้เทคโนโลยีทางคอมพิวเตอร์นำทางให้เด็กเกิดกระบวนการเรียนรู้ด้วยตนเองว่าเด็กสามารถปรับเปลี่ยนตัวเองให้นั่งนิ่งโดยมีสมาธิและเกิดความตั้งใจได้โดยดูจากกระบวนการป้อนกลับ (feedback) ที่เห็นทางจอคอมพิวเตอร์เป็นการฝึกให้เด็กได้เรียนรู้ในการบำบัดด้วยตนเอง
เด็กออทิสติกที่มีความสามารถทางสติปัญญา (IQ) ที่อยู่ในระดับเกณฑ์เฉลี่ย (๘๐ - ๑๐๐) และไม่มีปัญหาทางพฤติกรรมและอารมณ์จะสามารถเรียนร่วมกับเด็กปกติในโรงเรียนทั่วไปได้จนถึงระดับวิทยาลัยหรือมหาวิทยาลัย เด็กออทิสติกที่มีความสามารถทางสติปัญญาอยู่ในระดับต่ำกว่าเกณฑ์เฉลี่ย (ต่ำกว่า ๗๐) ซึ่งมักพบปัญหาพฤติกรรมและอารมณ์ร่วมด้วยควรได้รับการช่วยเหลือโดยการเข้าเรียนแบบการศึกษาพิเศษในโรงเรียนทั่วไปโดยจัดหลักสูตรการเรียนให้เป็นรายบุคคลและเน้นทางวิชาชีพเป็นหลัก เด็กออทิสติกที่มีปัญหาด้านพฤติกรรมและอารมณ์อย่างมากและมีอาการปัญญา อ่อนร่วมด้วยควรได้รับการบำบัดรักษาและฝึกการช่วยเหลือตนเองในกิจวัตรประจำวันฝึกการทำงานบ้านตามความสามารถของเด็ก
โรคออทิซึมยังไม่มียาที่ใช้รักษาโดยเฉพาะ มีผู้ศึกษาวิจัยมากมายเกี่ยวกับการใช้วิตามินบี ๖ กับแมกนีเซียม เอนไซม์ ซีครีติน เฟนฟลูรามีน ยาต้านเศร้า ยาทางจิตประสาท ฮอร์โมนบางชนิด ฯลฯ แต่ยังไม่มีการพิสูจน์ที่แน่นอนว่ายาตัวใดสามารถรักษาเกี่ยวกับการบกพร่องทางด้านสังคมและการสื่อความหมายได้เลยจึงเป็นการใช้ยาตามอาการซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อการลดพฤติกรรมอันไม่พึงประสงค์ เช่น อาการอยู่ไม่นิ่ง ไม่มีสมาธิ อารมณ์หุนหันพลันแล่น พฤติกรรมก้าวร้าว พฤติกรรมทำร้ายตนเอง การกระทำซ้ำซากเพื่อจะฝึกสอนให้เด็กมีพัฒนาการทางด้านสังคม การสื่อความหมาย การฝึกพูด การทำพฤติกรรมบำบัดได้ง่ายขึ้น เนื่องจากสภาพร่างกายของคนแต่ละคนมีการเปลี่ยนแปลงของยาในร่างกายต่างกันการตอบสนองต่อยาในเด็กแต่ละคนจึงแตกต่างกันด้วยเมื่อให้ยาชนิดเดียวกันกับเด็กคนหนึ่งอาจมีอาการง่วงนอนแต่กับเด็กอีกคนหนึ่งอาจไม่มีอาการง่วงนอนเลยซึ่งต้องนำมาใช้เป็นเกณฑ์ในการบริหารยาด้วย ในปัจจุบันยาที่มีผลข้างเคียงน้อยและใช้ได้ผลดีสำหรับเด็กออทิสติกซึ่งใช้กันอย่างแพร่หลายคือยาต้านเศร้ากลุ่มที่ออกฤทธิ์จำเพาะต่อสารสื่อประสาทซีโรโทนินและยาต้านอาการโรคจิตประสาทกลุ่มใหม่
การฝึกเด็กออทิสติกให้ได้ผลดีนั้นต้องมีความตั้งใจจริงอดทนฝึกซ้ำ ๆ โดยใช้ระยะเวลาไม่นานเกินไปและฝึกในขณะที่ทั้งเด็กและผู้ฝึกสอนมีอารมณ์ผ่อนคลาย การฝึกไม่ควรเร่งรัดและต้องทำใจยอมรับด้วยว่าการฝึกเด็กออทิสติกนั้นจะเกิดการเปลี่ยนแปลงและการตอบสนองได้ช้ากว่าเด็กปกติมาก แต่เมื่อเด็กออทิสติกสามารถที่จะกระทำกิจกรรมใดกิจกรรมหนึ่งได้แล้วจะไม่ลืมและช่วยเป็นแรงผลักดันของทั้งตัวเด็กและผู้สอนไปพร้อม ๆ กัน ควรระวังด้วยว่าการฝึกที่ใช้การบังคับและฝึกมากจนเกินไปกลับเป็นผลเสียทำให้เด็กหงุดหงิดมีปัญหาทางอารมณ์ไม่ยอมปฏิบัติอันเป็นเหตุให้ผู้สอนท้อแท้และหมดกำลังใจได้ทำให้การฝึกไม่ได้ผลดีเท่าที่ควร การรักษาเด็กออทิสติกนั้นจะใช้วิธีการหรือกิจกรรมอย่างใดอย่างหนึ่งเพียงอย่างเดียวไม่ได้ควรใช้หลาย ๆ วิธีการและกิจกรรมต่าง ๆ ผสมผสานกันไปใช้การฝึกแบบเลี้ยงเด็กโดยวิธีธรรมชาติมากที่สุดควรให้เด็กได้รับอาหารอย่างเพียงพอและออกกำลังกายอย่างสม่ำเสมอพร้อมกับฝึกสอนการเคลื่อนไหวร่างกายอย่างถูกต้องเมื่อเด็กเริ่มเรียนรู้ได้แล้วควรฝึกสอนเกี่ยวกับทักษะในการดำรงชีวิตให้เด็กด้วย