โรงไฟฟ้านิวเคลียร์มีส่วนเกี่ยวข้องกับสิ่งแวดล้อมในหลายขั้นตอนเริ่มตั้งแต่ขั้นตอนการทำเหมืองแร่ยูเรเนียม การผลิตเชื้อเพลิงนิวเคลียร์ การเดินเครื่องปฏิกรณ์ การจัดการเชื้อเพลิงที่ใช้แล้วและกากกัมมันตรังสี แต่ละขั้นตอนจะต้องควบคุมอย่างใกล้ชิดให้เป็นไปตามกฎระเบียบอย่างเข้มงวดและรัดกุมเพื่อป้องกันอุบัติเหตุที่อาจทำให้เกิดการแพร่กระจายของกัมมันตรังสีและส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมได้
การทำเหมืองแร่ยูเรเนียมมี ๒ แบบ คือ แบบเปิดและแบบปิด โดยจะมีฝุ่นละอองจากธาตุยูเรเนียม ธาตุทอเรียม และก๊าซเรดอน ฟุ้งกระจายไปทั่วบริเวณเหมืองนอกจากนี้ยังมีตะกอนโลหะและสารกัมมันตรังสีปะปนอยู่บ้างเล็กน้อย ดังนั้นจึงอาจทำให้อากาศและพื้นที่บริเวณนั้นมีการปนเปื้อนรังสีและสารโลหะหนักได้ ถ้าไม่ปฏิบัติตามวิธีการที่ถูกต้อง
ทุกขั้นตอนการผลิตเชื้อเพลิงนิวเคลียร์ตั้งแต่การแต่งแร่จนถึงการสร้างประกอบมัดเชื้อเพลิงจะมีสารกัมมันตรังสีปะปนอยู่ทุกขั้นตอน แต่ปริมาณสารรังสีจะต้องไม่เกินมาตรฐานความปลอดภัยที่กำหนดไว้
ขณะเดินเครื่องปฏิกรณ์ในโรงไฟฟ้านิวเคลียร์จะเกิดความร้อนสารกัมมันตรังสีและผลิตผลจากการแตกตัวตลอดเวลาซึ่งสารกัมมันตรังสีและความร้อนจากเครื่องปฏิกรณ์ส่วนใหญ่จะถูกควบคุมไว้ในอาคารคลุมปฏิกรณ์และอาคารกังหันไอน้ำซึ่งเป็นระบบปิดทั้งหมด ทั้งกากรังสีระดับต่ำ ปานกลาง และสูง กากแต่ละประเภทจะมีวิธีจัดการที่เหมาะสมเพื่อให้เกิดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมอันได้แก่ อากาศ น้ำ พื้นดิน และสิ่งมีชีวิต (คน สัตว์ และพืช) น้อยที่สุด
เชื้อเพลิงนิวเคลียร์ที่ผ่านการใช้งานแล้วจะกลายสภาพเป็นสารกัมมันตรังสีระดับสูงซึ่งต้องควบคุมดูแลอย่างเข้มงวดรัดกุมเพื่อป้องกันกัมมันตรังสีรั่วไหลและเพื่อความปลอดภัยสูงสุดต่อสิ่งมีชีวิตและสิ่งแวดล้อม โดยมีวิธีการจัดการหลายขั้นตอน เช่น การเก็บไว้ในบ่อน้ำนิรภัย การใส่ในภาชนะป้องกันรังสี และฝังไว้ใต้ดินดังที่ได้กล่าวมาแล้ว ปัจจุบันมัดเชื้อเพลิงใช้แล้วจากโรงไฟฟ้านิวเคลียร์ส่วนใหญ่ถูกเก็บไว้ในบ่อน้ำขนาดใหญ่ที่มีระบบระบายความร้อนตลอดเวลา แต่บางแห่งเก็บเชื้อเพลิงใช้แล้วไว้ในถังเก็บพิเศษ (Dry cask storage) ซึ่งอยู่ภายในบริเวณโรงไฟฟ้า