การขยายพันธุ์และการคัดเลือกพันธุ์พืช แต่เดิมใช้วิธีปลูกพืชจำนวนมากแล้วคัดเลือกเอาเฉพาะต้นที่มีลักษณะดีตามต้องการทำการเก็บเมล็ดหรือท่อนพันธุ์ไว้เพื่อนำมาใช้ในการขยายพันธุ์ในฤดูกาลถัดไป แต่มีข้อจำกัดหลายประการ คือ ต้องใช้พื้นที่ขนาดใหญ่ในการปลูกเพื่อการคัดเลือกและการขยายพันธุ์ได้รับอิทธิพลจากสภาพแวดล้อมสูงซึ่งยากต่อการคัดเลือกพืชที่มีลักษณะทางพันธุกรรมตามจริง รวมทั้งต้องใช้แรงงานจำนวนมากในการปฏิบัติงาน ในส่วนของพันธุ์ก็ยากต่อการได้ต้นพืชที่คงลักษณะทางพันธุกรรมเช่นเดิมได้เมื่อผ่านการเพาะปลูกในหลาย ๆ รุ่น อาจเกิดจากการผสมข้ามพันธุ์หรือเกิดจากการกลายพันธุ์ได้
การเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืชจึงได้นำมาใช้เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในกระบวนการคัดเลือกและขยายพันธุ์พืชเพราะสามารถควบคุมสภาพแวดล้อมต่าง ๆ ที่พืชใช้ในการเจริญเติบโตได้ ต้นพืชที่ได้จากการเพาะเลี้ยงจึงมีลักษณะตรงตามลักษณะทางพันธุกรรมสามารถใช้เพิ่มจำนวนต้นพืชให้ได้ปริมาณมากโดยทุกต้นมีลักษณะเหมือนกับพืชต้นแบบทุกประการ นอกจากนี้การเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืชยังได้นำมาใช้เพื่อการสร้างพืชที่มีลักษณะทางพันธุกรรมใหม่ ๆ โดยการปรับสภาพการเพาะเลี้ยงให้แตกต่างไปจากเดิมหรือเติมสารบางชนิดในอาหารเพาะเลี้ยงเพื่อการคัดเลือกต้นพืชที่สามารถตอบสนองต่อสารหรือสภาพการเพาะเลี้ยงที่ใช้ เช่น การสร้างพืชทนดินเค็มและการสร้างพืชทนต่อสารกำจัดวัชพืช ทั้งยังช่วยประหยัด พื้นที่ เวลา และแรงงานที่นำมาใช้ในการคัดเลือกและการขยายพันธุ์ ในประเทศไทยการขยายพันธุ์และการคัดเลือกพันธุ์พืชโดยใช้เทคนิคการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อได้นำมาใช้ในธุรกิจการผลิตกล้าไม้ต่าง ๆ เช่น กล้วยไม้ ต้นสัก ต้นยูคาลิปตัส ไม้ป่า และไม้ยืนต้นอื่น ๆ
เครื่องหมายดีเอ็นเอจึงเป็นวิธีการทางเทคโนโลยีชีวภาพอย่างหนึ่งที่ได้นำมาใช้คัดเลือกพืชหรือสัตว์เพื่อที่จะนำมาเพาะปลูกเพาะเลี้ยงหรือนำมาใช้เป็นพ่อแม่พันธุ์โดยอาศัยคุณสมบัติของเครื่องหมายดีเอ็นเอที่สามารถตรวจสอบได้ในทุกระยะการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิต ทำให้สามารถคัดแยกพืชหรือสัตว์ที่มีลักษณะทางพันธุกรรมที่ต้องการได้ขณะที่เพิ่งเริ่มเจริญเติบโตจึงมีส่วนช่วยลดแรงงาน ค่าต้นทุน และพื้นที่ในการเพาะปลูกหรือเพาะเลี้ยง เช่น ในสุกรมีลักษณะพันธุกรรมฮาโลเทนบวก (halothane positive) ที่ส่งผลต่อคุณภาพของเนื้อสุกรทำให้เนื้อมีคุณภาพไม่ดีจึงได้นำเครื่องหมายดีเอ็นเอมาใช้เพื่อคัดแยกสุกรที่มีลักษณะพันธุกรรมฮาโลเทนบวกออกจากสุกรปกติช่วยให้ประหยัดเวลา ลดต้นทุนในการผลิตและสามารถผลิตสุกรที่มีคุณภาพเนื้อที่ดีได้