ในอดีตการคัดเลือกหรือการปรับปรุงพันธุ์พืชและพันธุ์สัตว์เพื่อนำมาใช้ในการผลิตผลผลิตทางการเกษตรที่มีคุณภาพดีใช้วิธีการสังเกตดูลักษณะต่าง ๆ ที่แสดงออกมาภายนอกของพืชและสัตว์เหล่านั้นและนำลักษณะที่ได้มาใช้เป็นลักษณะประจำพันธุ์ในการจำแนกพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดเพื่อนำมาใช้เพาะปลูกหรือเพาะเลี้ยงและการนำมาใช้ในกระบวนการปรับปรุงพันธุ์ แต่ลักษณะภายนอกที่ปรากฏเป็นผลมาจากการแสดงออกของยีนภายในและยังเกิดจากผลกระทบของสภาพแวดล้อมที่พืชและสัตว์เจริญเติบโตในช่วงเวลานั้นในสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันลักษณะที่แสดงออกของพืชหรือสัตว์ที่เป็นพันธุ์เดียวกันนั้นอาจแตกต่างกันได้ ในขณะเดียวกันพืชหรือสัตว์ที่คิดว่าเป็นพันธุ์เดียวกันจากการดูลักษณะภายนอกก็อาจเป็นผลมาจากสภาพแวดล้อมทั้ง ๆ ที่ไม่ได้เป็นพันธุ์เดียวกัน ดังนั้นการใช้ลักษณะภายนอกที่ปรากฏจึงไม่เพียงพอต่อการนำมาใช้จำแนกหรือระบุสายพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตให้ถูกต้องแม่นยำได้
จึงได้มีการนำเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิดต่าง ๆ มาใช้ เพื่อหาความแตกต่างในสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดโดยใช้ความแตกต่างของรหัสทางพันธุกรรมที่มีความจำเพาะในสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด ผลที่ได้จากการนำเครื่องหมายดีเอ็นเอมาใช้ คือ ทำให้สามารถเห็นความแตกต่างของแถบดีเอ็นเอที่มีปริมาณและการวางตัวที่แตกต่างกันในสิ่งมีชีวิตที่ต่างชนิดและต่างพันธุ์กันรวมทั้งเห็นความแตกต่างของตำแหน่งเข้าเกาะระหว่างเครื่องหมายดีเอ็นเอกับสายดีเอ็นเอของสิ่งมีชีวิตที่ทำการตรวจสอบ นอกจากนี้ยังเห็นข้อมูลของรูปแบบลักษณะแถบดีเอ็นเอที่มีความจำเพาะในสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดที่จะนำมาใช้เป็นเอกลักษณ์ทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตนั้น ๆ ในด้านการเกษตรได้มีการนำเอาเครื่องหมายดีเอ็นเอมาใช้ในการระบุลักษณะของเอกลักษณ์ทางพันธุกรรมของพืชและสัตว์หลากหลายชนิด เพื่อนำมาเป็นฐานข้อมูลสำคัญประจำพันธุ์ สำหรับใช้เป็นข้อมูลในโครงการปรับปรุงพันธุ์ต่าง ๆ รวมถึงการนำมาเพื่อจดทะเบียนพันธุ์ในพืชและสัตว์โดยนำเอาข้อมูลในระดับดีเอ็นเอมาใช้ร่วมกับการตรวจสอบลักษณะที่ปรากฏภายนอก ในปัจจุบันได้ทำเอกลักษณ์ทางพันธุกรรมในพืชและสัตว์หลายชนิด เช่น ข้าว ข้าวโพด ถั่วเหลือง ไม้ยืนต้น โค กระบือ สุกร และในสัตว์น้ำ เพื่อนำข้อมูลที่ได้มาใช้ประโยชน์ ในงานด้านต่าง ๆ
การเก็บรักษาพันธุ์หรือสายพันธุ์พืชและสัตว์ให้คงลักษณะเดิมมีความสำคัญต่อการนำมาใช้เพาะปลูกหรือเพาะเลี้ยงในฤดูกาลต่อไปหรือเก็บไว้ใช้ในกระบวนการปรับปรุงพันธุ์เพื่อให้ได้พืชหรือสัตว์ที่มีคุณลักษณะที่ดียิ่งขึ้น การเก็บรักษาพันธุ์หรือเชื้อพันธุ์ตามปกติมักมีปัญหาการคงความมีชีวิตที่ลดลงและใช้พื้นที่ในการจัดเก็บมากจึงได้นำวิธีการเก็บรักษาพันธุ์พืชและสัตว์ในหลอดทดลอง ในสภาวะเยือกแข็งมาใช้เพื่อลดข้อจำกัดของวิธีการเก็บรักษาพันธุ์แบบเดิมทำให้สามารถคงความมีชีวิตนานและเก็บรักษาได้ ในหลายชนิดของเนื้อเยื่อไม่ว่าจะเป็นเมล็ด ยอด ราก แคลลัส หรือแม้แต่เซลล์สืบพันธุ์และเซลล์ของไข่ที่ได้รับการผสมแล้วในสัตว์จึงทำให้เก็บรักษาพันธุ์ของพืชและสัตว์ไว้ได้เป็นเวลานานเป็นประโยชน์ต่อการพัฒนางานด้านการเกษตรต่อไปในอนาคต