แมลงที่มีความสำคัญ และเป็นอุปสรรคกับการเพาะปลูกยาสูบในประเทศไทยแบ่งออกเป็น
๒ จำพวกใหญ่ ๆ คือ
๑. แมลงจำพวกปากดูด
๑.๑ แมลงหวี่ขาว (white fly)
เป็นแมลงที่ทำให้เกิดปัญหามากที่สุด ในการเพาะปลูกยาสูบในประเทศไทย คือ เป็นพาหะ
นำเชื้อโรคไวรัสมาสู่ต้นยาสูบ ทำให้เกิดโรคใบหด
๑.๒ เพลี้ยอ่อนยาสูบ (green peach aphid : Myzus persicae Sulzer)
เกาะดูดน้ำเลี้ยงบนใบ และขับถ่ายมูลซึ่งเป็นอาหารอย่างดีของราดำ ทำให้ใบยาขาดคุณภาพ
การป้องกันและกำจัด ปฏิบัติเช่นเดียวกับการป้องกัน และกำจัดโรคใบหด
๒. แมลงจำพวกปากกัด
๒.๑ หนอนคืบกินกล้า (cabbage looper : Trichoplusia sp.)
๒.๒ หนอนกระทู้กินยอด (tobacco budworm : Helicoverpa armigera Hubner)
๒.๓ หนอนกระทู้กินใบ (tobacco leaf eating caterpillar : Spodoptera litteralis Fabricius)
การป้องกัน และกำจัด ถ้าใช้ยาฟูราดาน ๓ จี หรือคูราแทร์ รองก้นหลุมก่อนปลูกยาสูบ จะป้องกันหนอนกระทู้ได้ ๓๐-๔๐ วัน แล้วจึงพ่นด้วยยาเมโทมิล (แลเนตและนูดริน) หรือออร์ทีนทุก ๆ ๗ วัน
นอกจากนี้ยังมีแมลงอื่นๆ อีกหลายชนิดแต่การระบาดไม่ค่อยรุนแรงนัก เช่น หนอนเจาะลำต้นยาสูบ (tobacco stem borer) ตั๊กแตนหนวดสั้น (short horned grasshopper) ตั๊กแตนหนวดยาว (long horned grasshopper) หนอนกระทู้กัดต้นยาสูบ (tobacco cutworm) จิ้งหรีดโป่ง (field cricket)
แมลงกระชอน (mole cricket) และด้วงขาวกินรากยาสูบ (white grub)
แมลงที่ทำความเสียหายกับใบยาแห้งมี ๒ ชนิด คือ มอดยาสูบ (cigarette beetle) และชีปะขาวยาสูบ (tobacco moth)
การป้องกัน และกำจัด ใช้การรมด้วยแก๊ส และรักษาความสะอาดภายใน และภายนอกโรงเรือน
ที่เก็บใบยาจะได้ผลดีที่สุด
ในการทำแปลงเพาะยาสูบ มีการใช้สารเคมีกันอย่างกว้างขวางทั่วไป เช่น เมทิลโบรไมด์
ซึ่งกำจัดได้ทั้งวัชพืช เชื้อโรคต่าง ๆ และแมลงในดิน สำหรับยาที่ใช้กำจัดวัชพืชโดยเฉพาะ เช่น อีไนด์ (enide) ก็มีการใช้กันบ้าง แต่ไม่มากนัก
สำหรับในไร่ยาสูบ การใช้สารเคมียังไม่มีผู้ใดปฏิบัติกันอย่างจริงจัง เพราะเป็นการเพิ่มต้นทุน
โดยไม่คุ้มค่า ขณะเดียวกันชาวไร่นิยมการพรวนดินบนร่องปลูกเป็นประจำอยู่แล้ว เพราะเป็นวิธี
ที่เพิ่มผลิตผล และคุณภาพของใบยาสูบ ตลอดจนเป็นการกำจัดวัชพืชไปในตัวด้วย