มนุษย์ได้พัฒนาการปรับปรุงพันธุ์พืชและพันธุ์สัตว์เลี้ยงมาช้านานหลายร้อยปี โดยผสมข้ามสายพันธุ์และการคัดเลือกสายพันธุ์ตามวิธีการดั้งเดิมจนเมื่อมีการศึกษาและพัฒนาทางด้านพันธุศาสตร์เชิงปริมาณ (quantitative genetics) ในช่วง ๕๐ - ๖๐ ปีที่แล้วมาจึงได้มีการพัฒนาการคัดเลือกลักษณะพันธุกรรมอันพึงประสงค์ให้สอดแทรกผสมผสานเข้าไปในจีโนมของพืชผลเป้าหมาย โดยอาศัยข้อมูลจากการสังเกตปรากฏการณ์ธรรมชาติของสิ่งมีชีวิตที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมซึ่งเป็นสมบัติสำคัญของสิ่งมีชีวิตทุกชนิดไม่ว่าจะเป็นจุลินทรีย์ พืช สัตว์ รวมทั้งมนุษย์ ความหลากหลายทางพันธุกรรมนั้นเกิดจากปรากฏการณ์การเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมที่เรียกว่า การกลายพันธุ์หรือมิวเทชัน (mutation) และปรากฏการณ์ ครอสซิงโอเวอร์ (crossing-over) ที่เกิดขึ้นสม่ำเสมอในกระบวนการสร้างเซลล์สืบพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตที่มีการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ ทำให้เกิดการสลับที่และรวมตัวกันใหม่ของพันธุกรรมที่เรียกว่า ยีนรีคอมบิเนชัน (gene recombination) ทำให้เกิดองค์ประกอบทางพันธุกรรมในจีโนมในรูปแบบต่าง ๆ กัน อาจเปรียบเทียบได้ว่ ยีนรีคอมบิเนชันเป็นกระบวนการ “พันธุวิศวกรรมโดยธรรมชาติ” อย่างแท้จริง รูปแบบของความแปรผันทางพันธุกรรมในจีโนมจะผ่านกระบวนการคัดเลือกโดยธรรมชาติ (natural selection) การอพยพ (migration) พันธุกรรมผกผัน (genetic drift) ที่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงขนาดประชากรและปัจจัยทางชีวภาพอื่น ๆ ที่เป็นพลังผลักดันทางวิวัฒนาการให้เกิดการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรซึ่งเป็นการปรับตัวเพื่อการอยู่รอดของสิ่งมีชีวิตเราสามารถตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมในประชากรธรรมชาติได้โดยใช้วิธีการต่าง ๆ ทั้งในระดับโครโมโซมและระดับยีนโดยใช้กรรมวิธีดีเอ็นเอเทคโนโลยียุคใหม่