๑. ค่าใช้จ่าย สื่อประสมเพื่อการศึกษาเป็นสื่อที่มีราคาแพงแม้ว่าเครื่องคอมพิวเตอร์จะมีราคาถูกลงแต่ผู้เรียนก็ต้องลงทุนจ่ายเงินจำนวนมากเพื่อซื้อสื่อหรือโปรแกรมในการเชื่อมต่อระบบอินเทอร์เน็ตหรือระบบเครือข่ายอื่น ๆ ก็ต้องมีการลงทุนด้านสถานที่และอุปกรณ์ต่าง ๆ เพื่อสร้างโครงสร้างพื้นฐานรองรับการติดต่อในระบบเครือข่ายและต้องลงทุนจ่ายค่าสื่อสารเชื่อมต่อถึงกันในราคาแพงเช่นกัน
๒. พื้นฐานทางเศรษฐกิจและสังคมของประเทศ สืบเนื่องมาจากการพัฒนาและใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษาที่มีปัญหาด้านค่าใช้จ่ายที่สูง ค่าใช้จ่ายดังกล่าวนี้เป็นภาระแก่สังคมโดยรวมของประเทศไทยซึ่งจะกระทบต่อค่าใช้จ่ายในการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมในด้านอื่นในแง่ของประโยชน์ที่ได้รับ ผู้ที่จะได้รับประโยชน์จากการใช้จ่ายนี้ส่วนใหญ่เป็นกลุ่มคนในภาคเมืองซึ่งมีการพัฒนาศักยภาพทุกด้านที่จะสามารถรองรับเทคโนโลยีนี้ได้ดีกว่าคนในภาคชนบท
๓. การเรียนรู้ สื่อประสมเพื่อการศึกษานี้เป็นสื่อประเภทอิเลคทรอนิกส์ซึ่งเป็นการหาความรู้ผ่านประสบการณ์เทียมไม่ใช่จากการลงมือทำเอง สัมผัส และแก้ปัญหาต่าง ๆ ตามสภาพความความเป็นจริง การเรียนรู้ทุกอย่างย่อมทำได้ตามเงื่อนไขที่โปรแกรมคอมพิวเตอร์กำหนดไว้เท่านั้น แต่ถึงอย่างไรก็ไม่สามารถที่จะจำลองโลกที่แท้จริงลงไปไว้ได้การเรียนรู้ด้วยวิธีนี้จึงอาจทำให้ผู้เรียนเกิดความรู้และความเข้าใจเพียงด้านเดียวและมีลักษณะเหมือนกลไก
๔. พัฒนาการของพฤติกรรมและอารมณ์ส่วนบุคคล สื่อประสมเพื่อการศึกษาเป็นสื่อชนิดโต้ตอบได้โดยผ่านการใช้เมาส์หรือแป้นพิมพ์ก็จะเกิดการเปลี่ยนแปลงขึ้นบนจอทันที อาจกล่าวได้ว่าผู้เรียนควบคุมโปรแกรมด้วยปลายนิ้วสัมผัส นักการศึกษา และสื่อมวลชนทั่วไป จึงเกิดความวิตกกันว่าผู้เรียนโดยเฉพาะเด็กและวัยรุ่นอาจจะคุ้นเคยกับการบังคับสิ่งต่าง ๆ ให้เกิดขึ้นในชั่วพริบตาโดยไม่ได้ตระหนักว่าในโลกความเป็นจริงมนุษย์ไม่สามารถบังคับเวลาและกำหนดเงื่อนไขต่าง ๆ ได้ด้วยปลายนิ้ว
๕. ข้อมูลและเนื้อหาที่ต้องควบคุม เนื่องจากสื่อประสมในปัจจุบันนี้ไม่ว่าจะอยู่บนแผ่นซีดีรอมหรือบนอินเทอร์เน็ตต่างก็มีส่วนเกี่ยวข้องกับธุรกิจอย่างมาก เช่น ธุรกิจข่าวสาร ธุรกิจบันเทิงต่าง ๆ โดยที่ธุรกิจมักคำนึงถึงผลประโยชน์เป็นหลักจึงมีเรื่องเกี่ยวกับทางเพศ ความรุนแรง และสิ่งที่ขัดต่อหลักจริยธรรมปรากฏอยู่ในสื่อประสมดังกล่าว ดังนั้นผู้ปกครองและครูจึงเกิดความวิตกกังวลว่า จะไม่สามารถปกป้องเด็กจากข้อมูลข่าวสารที่เป็นอันตรายเหล่านี้ได้ การนำสื่อประสมมาใช้ส่งเสริมการศึกษาจึงได้รับการวิพากษ์วิจารณ์อย่างมากในปัจจุบัน
๖. พัฒนาการของพฤติกรรมทางสังคม ในขณะที่มีแนวโน้มการใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษาซึ่งเป็นสื่ออิเล็กทรอนิกส์อย่างกว้างขวางในระบบการศึกษาของนานาประเทศก็เริ่มมีการเตรียมรับมือกับปัญหาที่ว่า เด็กและเยาวชนอาจจะใช้ชีวิตอยู่กับปัญหาสื่ออิเล็กทรอนิกส์คือ จอโทรทัศน์หรือจอคอมพิวเตอร์มากขึ้น แต่ความสัมพันธ์ต่อครอบครัว เพื่อน และครูเริ่มน้อยลงเรื่อย ๆ การที่มนุษย์มีความสัมพันธ์ต่อกันน้อยลงไปเช่นนี้ อาจก่อปัญหาสังคมหรือก่อให้เกิดบุคลิกภาพของประชาชนที่ไม่พึงประสงค์ นักการศึกษาและนักวางแผนการพัฒนาประเทศจึงเริ่มถกเถียงกันมากขึ้นในเรื่องที่ว่า ควรจัดระบบการศึกษาโดยคำนึงถึงความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์กับมนุษย์ให้มากขึ้น
๗. เอกลักษณ์และวัฒนธรรมไทย การใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษาจะมีผลต่อการเรียนรู้หรือไม่ขึ้นอยู่กับคุณภาพของสื่อประสมที่ผลิตขึ้นมา ปัจจุบันนี้ประเทศไทยเผชิญกับปัญหาที่สำคัญคือ ยังไม่สามารถผลิตสื่อใช้เองได้ในประเทศไทยแต่ต้องนำเข้าจากต่างประเทศ นอกจากนี้สื่อประสมบนอินเทอร์เน็ตก็เป็นภาษาอังกฤษแทบทั้งหมดปัญหานี้ทำให้เกิดความวิตกกังวลว่าคนไทยจะเรียนรู้จากสื่อที่ผลิตโดยต่างประเทศนี้ย่อมไม่ใช่ความรู้ที่เกี่ยวกับประเทศไทยหรือความรู้ที่ได้จากมุมมองของคนไทยและวัฒนธรรมไทย