ในสมัยก่อนนั้นการเก็บรวบรวมข้อมูลเพื่อการนำกลับมาใช้บนระบบคอมพิวเตอร์จะอยู่ในรูปของแฟ้มข้อมูลทั้งสิ้น แต่เมื่อโลกมีการพัฒนามากขึ้นข้อมูลที่ต้องจัดเก็บมีอยู่มากมายการใช้แต่เพียงแฟ้มข้อมูลเท่านั้นไม่เพียงพอที่จะสนับสนุนให้ทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพอีกต่อไปจึงทำให้มีการนำเสนอแนวความคิดระบบฐานข้อมูลขึ้นเพื่อจัดการงานที่เกี่ยวข้องกับข้อมูลให้มีประสิทธิภาพสูงสุดเท่าที่จะทำได้ ข้อแตกต่างระหว่างแฟ้มข้อมูลกับฐานข้อมูล คือ
กล่าวคือ ในระบบฐานข้อมูลนั้นมีส่วนที่เรียกว่า แค็ตตาล็อก (catalog) หรือ พจนานุกรมข้อมูล (Data Dictionary) ซึ่งเก็บรายละเอียดทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับโครงสร้างของข้อมูลในฐานข้อมูลไว้ เช่น ชนิดและรูปแบบของข้อมูลในฐานข้อมูลและข้อจำกัดต่าง ๆ ที่มีต่อข้อมูลแต่ละส่วน เป็นต้น ในขณะที่แฟ้มข้อมูลจะเก็บรายละเอียดเหล่านี้ไว้ในส่วนของโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้งานด้วยกันเลย ซึ่งอาจกระจัดกระจายไปอยู่ตามส่วนต่าง ๆ จึงทำให้ไม่สะดวกต่อการใช้และปรับปรุงงาน
นั่นคือ ส่วนของโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้จัดการข้อมูลจะถูกพัฒนาออกมาซึ่งเรียกกันว่า ระบบจัดการฐานข้อมูล ส่วนข้อมูลก็จะแยกอยู่ในส่วนของฐานข้อมูลซึ่งการแยกนี้เป็นการซ่อนรายละเอียดของการจัดการข้อมูลไว้จากตัวข้อมูลเพื่อผู้ใช้จะได้ไม่ต้องยุ่งยากกับรายละเอียดของการจัดเก็บข้อมูลโดยให้ซอฟต์แวร์จัดการฐานข้อมูลเป็นเครื่องมือจัดการให้แทนซึ่งแตกต่างจากระบบแฟ้มข้อมูลที่จะรวมส่วนของโปรแกรมและข้อมูลไว้ด้วยกัน ผลเสียก็ คือ เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของข้อมูลส่วนของโปรแกรมก็จะต้องปรับตามไปด้วยมิฉะนั้นแฟ้มข้อมูลดังกล่าวก็จะไม่สามารถนำมาใช้งานได้อีก
ผู้ใช้คนหนึ่งอาจจะต้องการรายงานหรือข้อสรุปของข้อมูลชุดหนึ่งในหลาย ๆ รูปแบบ ทั้งแบบตาราง แบบกราฟ และแบบบทความ ซึ่งในส่วนนี้ระบบจัดการฐานข้อมูลจะเป็นผู้ดูแลให้แก่ผู้ใช้ ส่วนในแนวคิดแบบแฟ้มข้อมูลนั้นเมื่อผู้ใช้ต้องการรายงานแบบใหม่ผู้ใช้จะต้องเขียนโปรแกรมขึ้นมาใหม่เพื่อให้ได้งานอย่างที่ต้องการซึ่งค่อนข้างยุ่งยากและเสียเวลาในการใช้งานอย่างมาก
ระบบจัดการฐานข้อมูลสำหรับผู้ใช้หลาย ๆ คนพร้อมกันต้องมีการอนุญาตให้ผู้ใช้เข้าถึงข้อมูลในเวลาเดียวกันได้ โดยที่ระบบจะต้องจัดการข้อมูลให้แก่ผู้ใช้แต่ละคนอย่างถูกต้องด้วยถึงแม้ว่าผู้ใช้เหล่านั้นจะเรียกใช้ข้อมูลเดียวกัน ณ เวลาเดียวกันในระบบจัดการฐานข้อมูลจะต้องมีส่วนควบคุมการทำงานแบบพร้อมกัน (Concurrency Control) ซึ่งในการทำงานแบบแฟ้มข้อมูลจะไม่มีส่วนจัดการในเรื่องนี้