ภูมิหลังของวัดญวนในประเทศไทยพอจะประมาณได้ว่าเริ่มต้นขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชหลังจากมีการตั้งหลักแหล่งของชาวญวนที่อพยพลี้ภัยสงครามมาตั้งแต่ปลายสมัยธนบุรี เมื่อมีการตั้งวัดญวนขึ้นก็ได้นิมนต์พระสงฆ์ซึ่งบวชมาจากประเทศญวนมาประจำในประเทศไทย คณะสงฆ์ญวนชุดแรก ๆ มีพระผู้ใหญ่ ที่สำคัญ ๒ องค์ คือ พระครูคณาณัมสมณาจารย์ (ฮึง) และพระครูสมณานัมสมณาจารย์ (เหยี่ยวกร่าม) เป็นผู้นำของคณะสงฆ์อนัมนิกายในประเทศไทย ต่อมาในรัชกาลที่ ๒ และรัชกาลที่ ๓ คณะสงฆ์ญวนในประเทศไทยได้ขาดการติดต่อกับพระสงฆ์ญวนในเมืองญวนและได้กลับมาติดต่อสัมพันธ์กันอีกครั้งในรัชกาลที่ ๔ และรัชกาลที่ ๕ ในสมัยนั้นมีพระสงฆ์ญวนเข้ามาในประเทศไทยอีกแต่เนื่องจากขณะนั้นญวนตกอยู่ภายใต้การปกครองของฝรั่งเศส พระสงฆ์ญวนในประเทศไทยไม่สามารถติดต่อกับพระสงฆ์ญวนในเมืองญวนได้สะดวกนักพระสงฆ์ญวนในประเทศไทยจึงได้ปรับปรุงแก้ไขระเบียบประเพณีและวัตรปฏิบัติ ให้สอดคล้องกับพระสงฆ์ไทยหลายประการ เช่น การออกบิณฑบาต การทำวัตรเช้าและเย็น การถือวิกาลโภชนาและการผนวกพิธีกรรมฝ่ายเถรวาท เช่น การมีพิธีทอดกฐินและทอดผ้าป่า พิธีบวช พิธีเข้าพรรษา
วัดญวนในประเทศไทยถือกำเนิดขึ้นก่อนวัดจีนในรัชกาลที่ ๓ ระหว่างที่สมเด็จเจ้าฟ้ามงกุฎ (ต่อมา คือ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว) ทรงพระผนวชอยู่ ทรงสนพระทัยในลัทธิประเพณี และการปฏิบัติของพระสงฆ์ฝ่ายมหายานซึ่งในขณะนั้นพระสงฆ์ฝ่ายมหายานมีแต่ฝ่ายอนัมนิกายยังไม่มีฝ่ายจีนนิกายจึงโปรดให้นิมนต์ องฮึง เจ้าอาวาสวัดญวนตลาดน้อยในขณะนั้นมาเข้าเฝ้าซึ่งทรงถูกพระราชอัธยาศัยเป็นอย่างดี เมื่อเสด็จขึ้นครองราชย์ก็ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้คณะสงฆ์ฝ่ายอนัมนิกายเข้ามาอยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์และอยู่ในสถานะดังกล่าวเรื่อยมาแม้จะมีการผลัดเปลี่ยนรัชกาลมาจนถึงปัจจุบัน ในช่วงแรกที่วัดญวนได้เข้ามาอยู่ใต้พระบรมโพธิสมภาร วัดญวนแห่งแรก ๆ เช่น วัดญวนตลาดน้อยก็ได้รับพระราชทานเงินช่วยเหลือในการปฏิสังขรณ์และยังโปรดเกล้าฯ ให้พระสงฆ์ญวนเข้าเฝ้าเป็นประจำ รวมทั้งให้มีพิธีกรรมตามความเชื่อของฝ่ายอนัมนิกายในพระราชพิธีเฉลิมพระชนมพรรษาซึ่งเป็นประเพณีที่ปฏิบัติสืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน
เมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จขึ้นครองราชย์ใน พ.ศ. ๒๔๑๑ ได้ทรงปฏิบัติตามแบบอย่างสมเด็จพระบรมชนกนาถในเรื่องที่เกี่ยวกับ การอุปถัมภ์และการปฏิสังขรณ์วัดญวน โดยพระราชทานเงินช่วยเหลือในการปฏิสังขรณ์วัดญวนตลาดน้อยอีกครั้งและได้พระราชทานนามใหม่ว่า วัดอุภัยราชบำรุง คำว่า "อุภัย" แปลว่า สอง แสดงให้เห็นถึงความหมายว่า เป็นวัดที่ได้รับพระบรมราชูปถัมภ์จากพระมหากษัตริย์ ๒ พระองค์ คือ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้โปรดเกล้าฯ พระราชทานสมณศักดิ์ขององฮึงเจ้าอาวาสวัด เป็นที่ "พระครูคณานัมสมณาจารย์" เป็นเจ้าคณะใหญ่ฝ่ายอนัมนิกายในประเทศไทย ต่อมายังได้พระราชทานนามวัดญวนและวัดจีนอื่น ๆ อีกหลายวัดด้วย