บริเวณลานเลี้ยงผึ้งที่ดี ควรจะเป็นสถานที่ที่ปลอดภัยจากศัตรูผึ้ง ที่จะเข้ามารบกวน หรือทำลายรังผึ้ง ดังนั้นจึงควรสำรวจเสียก่อนทุกครั้งในลานผึ้ง ก่อนที่จะนำผึ้งเข้าไปเลี้ยง
ผึ้งมีศัตรูธรรมชาติเช่นเดียวกับแมลงอื่น ๆ ศัตรูเหล่านี้ได้แก่ ไร ตัวต่อ และมด ซึ่งจัดเป็นศัตรู
ที่สำคัญของผึ้งทุกชนิด โดยเฉพาะผึ้งโพรงฝรั่ง ซึ่งเรานำมาเลี้ยงจากต่างประเทศ จะมีศัตรูรบกวน และรุนแรงกว่าผึ้งโพรงพื้นเมืองของประเทศไทย
ไร
เป็นสัตว์ขนาดเล็กที่มี ๘ ขา ซึ่งไม่ใช่แมลง มองแทบไม่เห็นด้วยตาเปล่า ไรดูดเลือดผึ้งเป็นอาหาร โดยเฉพาะชอบดูดเลือดผึ้งในระยะดักแด้มากที่สุด ถ้ามีไรเป็นจำนวนมาก ๆ ผึ้งโพรงฝรั่ง
ไม่สามารถเจริญเป็นตัวเต็มวัยได้ ผึ้งโพรงไทยต้านทานไรได้ดีกว่าผึ้งโพรงฝรั่ง
ตัวต่อ
เป็นแมลงที่เป็นศัตรูสำคัญของผึ้งอีกชนิดหนึ่ง สามารถจับผึ้งกินเป็นอาหารได้ตามบริเวณดอกไม้ และที่หน้ารังผึ้ง ถ้าผึ้งอ่อนแอลงมากๆ ตัวต่อจะยกพวกเข้าโจมตีผึ้งให้เสียหายได้ทั้งรัง
แต่ผึ้งโพรงไทยสามารถต่อสู้กับตัวต่อได้ดีเช่นกัน ถ้าเราดูแลรักษาให้ผึ้งมีประชากรมาก ๆ แข็งแรงอยู่เสมอ
มดแดง
ที่ชอบสร้างรังบนต้นมะม่วง และต้นผลไม้ต่างๆ เป็นศัตรูที่สำคัญของผึ้งทุกชนิด มดแดงจะเฝ้าคอยจับผึ้งตามดอกไม้ เพื่อกินผึ้งเป็น อาหาร บางครั้งมดแดงจะบุกโจมตีผึ้งทั้งรัง ทำให้ผึ้งหนีรังไปในที่สุด เพราะไม่สามารถสู้กับมดแดงได้ ดังนั้นก่อนตั้งรังผึ้งทุกครั้ง ต้องกำจัดมดแดงให้หมด
นอกจากศัตรูทั้ง ๓ ชนิดแล้ว ยังมีหนอนผีเสื้อกินไขผึ้ง ถังแม้ว่าหนอนกินไขผึ้งจะไม่ได้เป็นศัตรูโดยตรงกับผึ้ง แต่หนอนกินไขผึ้งจะเข้าทำลาย กินไขผึ้ง ทำให้ผึ้งหนีรังไปในที่สุด โดยเฉพาะผึ้งโพรง ที่หนีรังอยู่เสมอ เพราะโดนหนอนชนิดนี้รบกวน การทำความสะอาดภายในรังบ่อย ๆ ตลอดจนการบำรุงรักษาผึ้งให้แข็งแรง จะลดการระบาดของหนอนผีเสื้อชนิดนี้ได้
สำหรับศัตรูอื่น ๆ ที่สามารถรบกวน และกินผึ้งเป็นอาหารได้ คือ แมงมุมหลายชนิด ที่ชอบชักใยจับผึ้งบริเวณหน้ารัง กิ้งก่า จิ้งจก คางคก อึ่งอ่าง และกบ ชอบดักกินผึ้งหน้ารังเช่นกัน แมลงปอสามารถจับผึ้งกินในอากาศได้ นอกจากนั้นยังมีนกหลายชนิดเช่น นกนางแอ่น และนกแซงแซว
โดยเฉพาะนกจาบคา ในฤดูหนาวจะบินมาเป็นฝูง เพื่อโฉบกินผึ้ง